El Consejo Directivo es el órgano de administración de la Corporación y está conformado por:

• El Gobernador del Departamento del Atlántico o su delegado, quien lo presidirá.
• Un Representante del Presidente de la República.
• Un Representante del Ministerio del Medio Ambiente.
• Cuatro (4) Alcaldes Municipales de la jurisdicción de la Corporación.
• Dos (2) Representantes del Sector Privado.
• Dos (2) Representantes de las entidades sin ánimo de lucro que tengan su domicilio en el área de jurisdicción de la Corporación, cuyo objeto principal sea la protección del medio ambiente y los recursos naturales renovables.

De acuerdo al Articulo 36 de los estatutos de la Corporación, Resolución 992 de 2005, Son funciones del Consejo Directivo de la Corporación las siguientes:

• Proponer a la Asamblea Corporativa la adopción de los estatutos y de sus reformas.
• Determinar la planta de personal de la Corporación.
• Disponer la participación de la Corporación en la constitución y organización de sociedades, asociaciones y fundaciones o el ingreso a las ya existentes.
• Dictar normas adicionales, a las legalmente establecidas, sobre el estatuto de contratación, de la entidad.
• Disponer la contratación de créditos externos.
• Determinar la estructura interna de la Corporación para la cual podrá crear, suprimir o fusionar dependencias y asignarles responsabilidades conforme a la Ley.
• Aprobar la incorporación o sustracción de áreas de que trata el numeral 16 del artículo 31 de la Ley 99 de 1993.
• Autorizar la delegación de funciones de la entidad.
• Aprobar el plan general de actividades y el presupuesto anual de inversiones.
• Nombrar y remover al Director General de la Corporación, de conformidad con el Artículo 22 del Decreto 1768 de 1994 y demás normas que lo modifiquen.
• Darse su propio reglamento interno.
• Las demás que de acuerdo con la Ley y estos estatutos le competan.